色谱柱的准确用于和确保十分最重要，稍有不慎就不会减少柱效、延长使用寿命甚至损毁。在色谱操作过程中，必须留意下列问题，以确保色谱柱。
1、防止压力和温度的急遽变化及任何机械震动。温度的忽然变化或者使色谱柱从低处丢弃下都会影响柱内的填满状况；柱压的忽然增高或减少也不会冲动柱内填料，因此在调节流速时应当较慢展开，在阀进样时阀的旋转无法过缓(如前所述)。2、不应渐渐转变溶剂的构成，尤其是鼓吹相色谱中，不不应必要从有机溶剂转变为全部是水，反之亦然。
3、一般说来色谱柱无法后坐，只有生产者说明该柱可以后坐时，才可以后坐除去回到柱头的杂质。否则后坐不会很快减少柱效。
4、自由选择用于适合的流动互为(特别是在是pH)，以防止相同互为被毁坏。有时可以在入样器前面相连一预柱，分析柱是键通硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在转入分析柱之前预先被硅胶饱和状态，防止分析柱中的硅胶基质被沉淀。5、常常用强溶剂冲洗色谱柱，清理保有在柱内的杂质。
在展开清除时，对流路系统中流动相的移位应互为混溶的溶剂渐渐过渡性，每种流动相的体积不应是柱体积的20倍左右。下面列出一些色谱柱的清除溶剂及顺序，作为参照：硅胶柱以正已烷(或庚烷)、二氯甲烷和甲醇依序冲洗，然后再行以忽略顺序依序冲洗，所有溶剂都必需严苛水解。甲醇能洗净残余的强劲极性杂质，已烷使硅胶表面新的活化。反相柱以水、甲醇、乙腈、一氯甲烷(或乙醚)依序冲洗，再行以忽略顺序依序冲洗。
如果下一步分析用的流动相不含缓冲液，那么可以省略最后用水冲洗这一步。四氢呋喃与乙腈或甲醇的混合溶液能除去类脂。有时也静脉注射二甲亚砜数次。
此外，用乙腈、丙酮和三氟醋酸(0.1%)梯度洗刷能除去蛋白质污染。阳离子互相交换柱能用稀酸缓冲液冲洗，阴离子互相交换柱能用稀碱缓冲液冲洗，除去互相交换性能强劲的盐，然后用水、甲醇、二氯甲烷(除去导电在相同互为表面的有机物)、甲醇、水依序冲洗。6、留存色谱柱时不应将柱内充满著乙腈或甲醇，柱连接器要拧紧，避免溶剂溶解潮湿。意味著禁令将缓冲溶液回到柱内静置过夜或更加长时间。
7、色谱柱用于过程中，如果压力增高，一种有可能是工件滤片被阻塞，这时不应替换滤片或将其放入展开清除；另一种有可能是大分子转入柱内，使柱头被污染；如果柱效减少或色谱峰变形，则有可能柱头经常出现坍塌，杀体积减小。在后两种情况再次发生时，小心拧开柱连接器，用洁净小钢将柱头填料放入1-2mm高度(留意把被污染填料取净)再行把柱内填料整平。然后用必要溶剂湿润的相同互为(与柱内完全相同)填充色谱柱，压平，再行拧紧柱连接器。这样处置后柱效能获得提高，但是很难完全恢复到新柱的水平。
柱子过热一般来说是柱端部分，在分析柱前装有一根与分析柱完全相同相同相的较短柱(5-30mm)，可以起着维护、缩短柱寿命的起到。使用维护柱会损失一定的柱效，这是有一点的。一般来说色谱柱寿命在准确用于时平均2年以上。
以硅胶为基质的填料，不能在pH2-9范围内用于。柱子用于一段时间后，有可能有一些吸附作用强劲的物质保有于柱顶，尤其是一些有色物质更加不易看清楚被吸着在柱顶的填料上。
8、新的色谱柱在用于一段时间后柱顶填料有可能坍塌，使柱效上升，这时也可补加填料使柱效完全恢复。每次工作完了后，最差用洗刷能力强劲的洗脱液冲洗，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线均衡。当使用盐缓冲溶液不作流动相时，用于完了后应用于无盐流动互为冲洗。
不含卤族元素(氟、氯、溴)的化合物可能会生锈不锈钢管道，不应长年与之认识。装有在HPLC仪上柱子如不常常用于，不应间隔4-5天开机冲洗15分钟。
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